Năm 1891

Viện Pasteur Sài Gòn được thành lập. Đây là Viện Pasteur đầu tiên ngoài nước Pháp. Albert Calmette, một trong những học trò của Louis Pasteur được giao nhiệm vụ thành lập, tổ chức và điều hành viện đầu tiên. Năm 1893, ông bị bệnh nặng, phải về nước, nhưng ông đã mở đường, đặt sự nghiệp Pasteur trên một nền tảng vững chắc tại Viện Pasteur Sài Gòn.
Viện tập trung sản xuất vắc xin đậu mùa, chống bệnh dại, nghiên cứu bệnh nhiệt đới, sản xuất huyết thanh chống nọc rắn.

Năm 1905

Viện chuyển đến vị trí hiện tại từ 1905, trở thành một trung tâm nghiên cứu vi sinh, ký sinh trùng, côn trùng học hàng đầu tại Đông Dương.

Kháng chiến chống Pháp (1945–1954)

Viện tập trung vào các hoạt động labo, xét nghiệm, nghiên cứu khoa học nghiên cứu về vi trùng, siêu vi trùng, ký sinh trùng, giải phẫu bệnh, dịch tễ học, các xét nghiệm sinh hóa, vi sinh, vệ sinh nước thực phẩm, độc chất học và sản xuất một số lọai vắc xin (tả, thương hàn, đậu mùa). Ngoài ra, Viện còn triển khai những nghiên cứu về bệnh thú y, tầm tang, vi nấm, bệnh phong...

Năm 1952

Năm 1952, Viện được đổi tên thành Viện Pasteur Việt Nam, hoạt động độc lập với Paris, một ban điều hành hỗn hợp Pháp - Việt được thành lập.

Kháng chiến chống Mỹ (1954–1975)

• Thành lập Ban Dân Y Miền và Phòng Vi Trùng Học (C4) phục vụ kháng chiến.
• Sản xuất vắc xin tại căn cứ bí mật, triển khai đội ngũ dịch tễ, hóa học, phòng chống dịch trong vùng giải phóng.
• Từ 1963–1975, C4 sản xuất được nhiều loại vắc xin phục vụ quân dân như: đậu mùa, tả TAB, thương hàn, dịch hạch, giải độc tố uốn ván, Subtilis...

Năm 1958

Từ năm 1958, các Viện Pasteur Sài Gòn, Đà Lạt, Nha Trang hoàn toàn do người Việt Nam quản lý. Bs. Nguyễn Văn Ái là Tổng giám đốc Việt Nam đầu tiên và tại từng Viện lại có giám đốc riêng.
Viện Pasteur Sài Gòn do Bs. Lý Thành Đáng làm viện trưởng.

Giai đoạn ổn định và củng cố (1975–1985)

• Sau ngày 30/4/1975, Viện Pasteur Sài Gòn được tiếp quản nguyên vẹn và đổi tên thành Viện Dịch tễ học.
• Tập trung phòng chống dịch, sản xuất vắc xin, đào tạo cán bộ y tế dự phòng và chỉ đạo chuyên môn cho 15 tỉnh phía Nam.
• Tái cấu trúc bộ máy, củng cố chuyên môn, kiểm soát hiệu quả nhiều dịch bệnh như: dịch hạch, tả, sốt xuất huyết Dengue.
• Ngay những ngày đầu Sài Gòn mới được giải phóng, Viện đã tiếp nhận và lo phân phối 3.000.000 liều vắc xin tả TAB do C4 sản xuất trong căn cứ chuyển ra để tiêm phòng cho nhân dân, chủ yếu là ở thành phố Sài Gòn và một số tỉnh lân cận. Viện tiếp tục triển khai việc sản xuất vắc xin dịch hạch tươi, vắc xin tả TAB để kịp thời phục vụ phòng chống dịch.

1975

Ngày 30/4/1975, khi Sài Gòn được giải phóng, Viện Pasteur Sài Gòn được chính quyền Cách mạng tiếp quản. Sáng ngày 1/5/1975, sau lễ chào cờ (lá cờ của Mặt Trận Dân Tộc Giải Phóng), Bs. Cao Minh Tân đọc tuyên bố của Chính phủ Cách mạng về chiến thắng của lực lượng Cách mạng. Do sự hợp tác tốt của cán bộ trong Viện với đoàn tiếp quản nên Viện Pasteur được tiếp quản gần như nguyên vẹn.

1976

Đặt tên là Viện Dịch tễ học B2

1977

Đổi tên thành Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh

1985

Đổi tên thành Viện Vệ sinh Dịch tễ TP. Hồ Chí Minh

07/04/1988

Khôi phục lại tên Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh

1990

Phát hiện ca nhiễm HIV đầu tiên tại Việt Nam

2013

Đạt danh hiệu Anh hùng Lao động - Thành tích đặc biệt xuất sắc

2020

Phát hiện chùm ca bệnh COVID-19 đầu tiên tại Việt Nam